操作 ：
左搖桿：移動右搖桿：視角調整R3：視角歸位方塊：攻擊三角：重攻擊圓：調查X：跳L1/R1：魔法L2：防禦移動中R2：迴避方塊或者魔法鍵按下：蓄力方向鍵上：選擇道具方向鍵下：選擇武器SELECT:地圖START：菜單L2+方塊：倒地攻擊
序章新宿
新宿，蒼白的街道。 彷彿沒有生命的存在一般，主角NIER在這裡抱著頭，形同死屍，面對突然來襲的怪物，嘴裡邊吼著“別過來!!!”邊揮動著手中的棍子，卻也漸漸顯得力不從心。 而此時支持他的，只是他那唯一的妹妹吧。 “我去找找看有什麼吃的”，看著咳嗽不停的妹妹，NIER的心裡是說不出的苦澀，“聽好了，無論發生什麼事，都不要碰那本書”。 地上，一本黑色的書顯得異常違和，而上面的圖案也比較令人生畏。 NIER走了出去，怪物再次出現了，而他此時早已精疲力盡，最後還是倒在了地上...“給我力量...”或許是出於本能的關係吧，是的，為了生存，無可奈何。 NIER還是藉用了黑之書的力量。
之 後，他如同打了雞血一般...越戰越勇，LV飆升到了30~~~再次回到了妹妹身邊...尤娜依然咳嗽不止，“哥哥，這是我剛剛找到的”，“餅乾，這不是 尤娜最愛吃的麼”，“恩，我想和哥哥一起吃”，“但是...那，我就吃小的那一塊吧”，“不行”尤娜硬是想遞給哥哥大的一塊，卻透支一般的倒下，而身上的 黑色文字，也慢慢衍生到了頭頸，臉上....
1412年後
畫面一轉，1412年後...
NIER的雞血被抽乾，回到了LV1，而時代風格也大相徑庭。 唯獨沒變的，還是妹妹的病，依然咳嗽不止。 NIER說要去打獵，來到教堂，找到POPOL，當被問到尤娜的病情時，NIER低下了頭，“別灰心，一定會有辦法的，你是一個出色的哥哥”，“恩，希望如此”。 之後，POPOL讓NIER去北平原採肉和藥草。
雖然這個世界有被稱為的魔物的東西四處徘徊，但是我所在意的，僅僅是如何能和妹妹一起，生存下去。 雖然我們兩人，還是孩子，生活自然比較艱辛，但是，我想，我已經找到了我們的立足之地，是的，就是這個村子，這裡的人都十分熱情善良。 因此，我也必須努力去做我力所能及的事情。 這，也是為了尤娜...。
輕鬆的任務——虐羊..扒皮..不知道為什麼給人一種怪物獵人的感覺呢...回到村入口處，發現魔物已經在這裡徘徊，NIER擔心村里出什麼事，立刻趕了回去，所幸，這裡還是一如既往的寧靜，完成了任務，NIER回到了家中。 尤娜告訴哥哥，他今天看了一本名叫“月之淚”的書，書中說，如果能找到“月之淚”的話，就能夠吃到好多好多的美味的食物。 “尤娜..想要能治好我的病的藥...”，“恩!尤娜的病一定會好起來的!”，“晚安!"。
第二天，NIER一如既往的來到了POPOL那，想幫村子做點力所能及的事情，POPOL表示修橋的職人那裡由於魔物作祟，運輸出現了問題。 “我去打倒魔物!”，“但是，這太危險了啊”，“放心!我可是村里最強的!”。 這些戰鬥力只有5的渣當然阻止不了偉大的妹控，魔物紛紛倒在了NIER的單手劍之下。 回到家中，卻發現尤娜不在，到底去了哪裡呢?NIER立刻想到了圖書館，是的，尤娜就是這樣一個愛看書的孩子，雖然有時候會看些奇怪的書...向POPOL詢問尤娜的去向，得知她早上臨走前說是要去石之神殿找“月之淚”。 這傻孩子...NIER十分擔心，立刻出發前往東門，尋找石之神殿。
石之神殿 
來 到石之神殿，首先映入眼簾的是一顆枯萎的大樹，但是，NIER顯然不會在意這些，現在他的心裡，只有妹妹，妹妹，妹妹...大樹什麼的死兩次!來到頂 上，終於找到了尤娜，但是她卻被魔物們像祭品一樣貢在台子上，NIER心急如焚，不停的用劍擊倒阻擋去路的兩把巨斧，不久後，一陣強光，一本書掉了下 來...
“好痛，可惡好痛!”書說話了。 但是NIER顧不了那麼多，書告訴NIER，要救尤娜的話，就必須打倒魔物，解除魔法陣。 “這種事情真的能做到麼?”，“你以為我是誰，我可是掌管森羅萬象的白之書啊!”，“快想想辦法吧，小白!”，“喂喂別把我的名字省略了啊”。 不久，白之書就解放了力量，而NIER也能夠使用魔法了。 “血即是音，音即是力”小白說著不明所以的話語...而身後的兩個巨大怪物，也向NIER襲來了...
BOSS戰：守衛X2 
兩個守衛。 作 為第一個BOSS戰，自然是比較簡單的，畢竟兩個不會同時攻上來，看到一個有魔法壁包圍的情況下，就去打另外個，注意用R2來躲避攻擊，R2的判定很神， 基本攻擊都能閃掉，打掉一定HP後，會出現ATTACK GAGE，再上去打就可以了，建議用蓄力攻擊...途中會不斷學習到魔法...
“對不起，哥哥，又給你添麻煩了。”“不，該道歉的應該是我，對不起，讓你害怕了，我們快回家吧，尤娜”。 眼看神殿即將倒塌，千鈞一發之際，NIER背著妹妹逃過了此劫。 “我沒有找到月之淚..哥哥...有了它..哥哥就能變成有錢人了...真是對不起...”看著一再道歉的妹妹，NIER心裡百味交加，而此時，尤娜的手臂上卻浮現出了黑色的文字。 ——————是的，黑文病。 殘酷的事實，卻不得不接受。 得了此病的人，全身會被黑色文字所侵蝕，最終死亡。 “為什麼，偏偏是尤娜!她到底做錯了什麼!”面對命運，NIER所能做的只有嘆息和無助的抱怨..
村子
噴 水池旁，DEBOL正在彈琴唱歌，看到NIER，不禁關心的問候了幾句，而讓她在意的，正是那本白之書，而令NIER吃驚的是，DEBOL居然知道白之 書，“我剛唱的歌裡面有出現哦，白之書”“這歌，有什麼意義麼?”“意義?額，我也不是很清楚。但是，當黑之書降臨於世，散佈病源之時，白之書就會出現並 拯救世界。大概就是這樣了吧...”NIER十分在意，決定去問知識淵博的POPOL。
POPOL不愧是POPOL，“當黑之書降臨之時，白之書會用封印之咒語，將黑之書消去，並鎮平災厄”。 “封印之咒語..是什麼?”，“關於這個也沒有詳細的記錄，不過應該是類似於魔法的東西”。 “對了，在神殿打倒怪物之時，我們所吸取的，一定就是封印的咒語!”，“沒錯，只要有小白在的話，尤娜的病就一定能治好了”，但是，問題是，現在沒人知曉黑之書的下落。 為此，NIER決定去殺魔物，來獲得封印之咒語，從而對事情能有更好的把握。 而POPOL也提供了他魔物的信息，那就是——崖之村。
崖之村
到達後，NIER和白之書立刻被這裡的奇特構造所吸引了。 但是他們畢竟不是來參觀的，當務之急還是找到村長。 爬到最頂處，卻被村長趕出，“看來是沒法好好談了，而且這裡都是些雜魚，根本沒有封印之咒語”。 “恩，還是先回POPOL那整理下線索吧”。
路 經小屋，發現裡面有一朵十分美麗的花，閃閃發光，“這..就是尤娜一直在找的...”，“別碰那花!”背後的聲音驚動了NIER，“喂喂，她這穿的是什 麼..”難怪，NIER也是個生理正常的青年啊...“白痴，你怎麼不看看別的地方吧”，只見眼前的女人握緊了拳頭，上面浮現出了黑色的文字。 “這個人..是魔物!”
BOSS戰：KAINE
小心她的突襲攻擊，速度非常快，好在攻擊力不怎麼樣，但是打到一半HP左右她會爆發，之後會使用遠距離魔法，小心躲避。 她有一招放雷球的招式，破綻比較大，可以抓住機會上去蓄力攻擊。
正當兩人廝殺之時，一個超展開的魔物，從山谷上方爬了下來。 KAINE立刻轉換了攻擊目標，這令NIER十分費解..“別礙事，現在首要目的是打倒這個傢伙!”“魔物...在攻擊魔物...”。
BOSS戰：魔物
體型巨大，而我方有KAINE幫忙..雖然沒啥大用..BOSS攻擊方式主要是掌擊衝擊波，看準時機躲避，攻擊的話擊中在腳上就可以了。 一定HP之後它會爬上去，並吐出許多雜魚，雜魚的攻擊方式是魔法彈，數量多，好在血少，迅速滅掉，再反復之，最後注意好ATTACK GAGE，不難。
眼看BOSS的攻擊就要擊中NIER了，KAINE立刻上前把NIER踢開，“少礙事”，但是，在她注意力被分散之時，魔物的一記側拳，硬生生的擊中了KAINE 。 但是KAINE卻挺了下來，並且發出衝擊波將魔物打跑。 “等等...別走”，KAINE看著魔物遠去的身影，顯然，剛才那一下，還是傷的不輕。 “快看!文字消失了”白之書指著KAINE的手臂說道。 “這個人，是人類吧?”，“恩，只不過是被魔物附身了”，“這樣啊..我好像做了不該做的事，完全把她當成魔物看待了..總之，當務之急是救她!”。 休息之後，KAINE向NIER自報了姓名，並趕他走。 NIER，你能理解一個魔物附身的人的心情麼?臨走前，KAINE表示“那個傢伙是我的獵物，你別出手”。
分支1：去POPOL處收集情報分支2：去看妹妹的情況
村子
身為妹控，我選擇了2...回到家中，尤娜感到身體不適，NIER立刻趕去拿藥。 “看來黑文病病情惡化的十分迅速，至少，能緩和她的痛楚就好了，哎，先去找POPOL商量下辦法吧。”來到圖書館，NIER問POPOL有沒有止痛藥，能夠緩和妹妹的痛楚，POPOL提議了“藥魚”，這是一種在海岸之街才有的魚，具有非常好的鎮痛效果。 事不宜遲，NIER決定立刻前往海岸之街。
海岸之街
來到海岸之街，通過白之書的奇妙能力，找到了熟悉藥魚的人。 但是那人扔給NIER一根魚竿..讓他自己去釣...為了親愛的妹妹，釣魚什麼的自然難不倒NIER，很快，一條藥魚就上鉤了，“得趕快帶回去給尤娜!”路上，遇到一個老婆婆，要求NIER幫忙去跑一次郵政局，催一下老婆婆的信件。 郵政局的人一眼就看出NIER是從POPOL的村子來的，順便還讓他把POPOL的信件帶回去。
“哥哥...我好痛...”(想歪了的自己去死兩次)。 NIER趕緊餵她吃藥，第二天，尤娜的狀態終於好了許多。 NIER也放心的去找POPOL了。 原來，信件的內容是崖之村的魔物大量氾濫了，但是NIER表示他的武器，實在是無法和那個巨大魔物抗衡，因此POPOL提議他先去機器人山採取金屬，強化武器。 來到機器人山，開店伙計表示已經沒有足夠的材料去強化NIER的武器，NIER便自告奮勇的去山中採集材料。
機器人山
機器人山，充滿了古代科技的氣息。 “古代的人果然聰明啊，這些機器我可是一點都不懂”，“真的聰明的話就不會滅亡了”，白之書在一旁忍不住吐槽。 順利收集到了材料，回到了店裡。 這樣，武器終於得到了強化，但是店裡的伙計卻還要求NIER去尋找他們的母親，嘛，誰叫NIER是大好人呢...“其實你沒有必要那麼幫他們”，“沒有母親的寂寞，我們兄妹兩個是最清楚不過的了”，白之書沉默了。 來到地下深處，NIER被此地的防衛設施認定為侵入者，巨大的機器向NIER襲來。
BOSS戰：機器人
激光掃射比較棘手，利用跳躍和翻滾來躲避，攻擊還是靠魔法比較好，建議使用蓄力後的黑之槍攻擊弱點，可以給BOSS造成巨大傷害，看準時機上吧。 打掉兩隻手後，會出現不少雜魚，可以等他們聚集在一起再用黑之手解決。 剩下頭的時候就簡單了，躲好導彈，等他放激光的時候，就把炸彈扔到它嘴裡，大概5顆炸彈就能送它回老家結婚了。
來到門後，NIER所看到的，只是兩具死屍...看來，是母親拋下了兩個孩子，想和這個年輕男子私奔，最後命喪於此，NIER只能帶著化妝瓶回去，但是這些，又叫NIER如何啟齒呢...
選擇1：已經去世了了選擇2：沒有找到
善良的NIER選擇了撒謊，“對不起，我沒有找到她”。 但是這，騙得了弟弟，卻騙不了哥哥，“母親，是一個人死的麼?”，“額..這個..”，“沒關係，我已經都知道了，母親，是和喜歡的人一起死了麼?”，“恩，遺體，有兩具”白之書幫忙回答了問題。 “太好了...”，“你說什麼?”，“母親終於不必為我們操心，可以安息了。我認為，這很好..”，“你原諒她了麼?”，“我是母親的孩子!我的母親..只有她一個..所以!...”。 NIER將化妝瓶遞給了他，便離開了。
崖之村 <BR>再次來到崖之村前的小屋，發現KAINE正在和魔物戰鬥，“你來幹什麼!?”，“我是來幫你的”，“現在可不是感動的時候啊”白之書一向是擔負著吐槽這一重要的角色。 “鬼才感動”。 KAINE告訴NIER村子裡面也出現了不少魔物，於是兩人便前去討伐了。 剛進村，出現在兩人面前的，正是上次那隻巨大的魔物。
BOSS戰：魔物一開始打法和上次沒啥兩樣，比較簡單(這裡比較有趣的是KAINE的台詞...被和諧掉了...)，一定HP之後，BOSS會換場地，跑 過去之後繼續打，這時BOSS的尾巴部位會出現ATTACK GAGE，用黑之槍瞄準速度解決吧，或者也可以等他尾巴砸下來的時候打。 繼續追擊到平台處，打法又回到了第一次時一樣。
打 到一半，魔物突然放出粉末狀物體，使得KAINE神誌不清，而我們可以清楚的聽到魔物的說話聲“KAINE，是我啊，是奶奶啊，看到你長那麼大，奶奶真是 高興” ，“奶奶....”，“怎麼樣?KAINE?要到奶奶這裡來麼?你這樣一個人活在痛苦和復仇的深淵中，又是何必呢?”，“就這些麼?”，“恩?”，“你要 說的，就這些麼?”，KAINE似乎恢復了理智。 “奶奶是絕對不會說這種話的!什麼叫活著是無可奈何?在我為她報仇之前，我是絕對不會死的，為此，我不惜抱著這醜陋的身軀活到了現在，這種覺悟你懂麼!啊!!!???”
在兩人的奮戰之下，終於解決了這隻巨大的魔物。 而 KAINE也倒在了地上...“奶奶，這樣可以了麼?我真的累了..”大仇已報，KAINE似乎選擇就這樣離去..“餵!KAINE!千萬別放棄!繼續活 下去!絕對不能放棄啊!”，外邊傳來的是NIER的吼聲，“活下去?到底為了什麼?”，“這個..”，“我的複仇..已經結束了”，“真是個麻煩的女 人!”白之書又出來吐槽了..“讓我們幫你復仇，完了之後就想要說再見了?你打起架來倒是挺利索的，但是腦袋好像不好使的樣子嘛，為同伴而死，不正是劍士 的夙願麼?”，“同伴?”，“同伴?是啊!我們已經是同伴了啊!”，“我想說的可不是這個意思啊...”傲嬌的白之書意外的可愛。 KAINE，你願意和我一起戰鬥麼!?”，“笨蛋，你這也太直接了吧”，“或許你說的有道理，小白”，“那你的意思是願意和我們一起麼?” ，KAINE撿起了地上的雙劍，“在我找到這把劍的用途之前，一起也無妨。 ”之後，KAINE告訴NIER，某個國家之王正在研究黑文病，說不定會對其有所幫助，而其所在地，正是沙漠深處，名為假面之街的地方。
假面之街
穿越沙漠，來到了假面之街。 好 不容易來到王之間前，但是門卻打不開，NIER只能原路返回，在路上，碰到一個摔倒了的小女孩，NIER幫她把東西撿了起來，小女孩用手語告訴NIER他 叫Fyra，並表示願意帶他們去見假面之王，但是首先，必須要了解這條街的規矩，也就是參觀整條街...花了不少時間參觀，最後卻被告知國王已經由於黑文 病去世，現在統治這條街的是王子，而王子現在不方便見客，NIER無奈只能回去找KAINE商量。 沒想到，Fyra所說的救命恩人，正是KAINE，這令白之書大吃一驚..
這時，周圍的人突然慌張起來，原來，他們聽說王子在砂之神殿裡失踪了，但是由於這裡的規定，假面之街的人未經許可，不得進入沙之神殿，讓他們困擾不已。 “這種規矩，廢掉不就行了麼，還把自己搞的那麼麻煩”。 NIER顯然不可理解。 Fyra表示要去救王子，但是被制止了，大好人NIER又挺身而出，“如果是外人的話，就沒關係了吧?”，好吧，目的地確定了，沙之神殿。
沙之神殿
在Fyra的帶領下，NIER和KAINE順利到達了沙之神殿。 在一間房子內，終於見到了王子，原來是個小屁孩，口舌之際，他被一塊大石頭給帶走了...而之後，KAINE也由於沒有遵守規定，被石頭給帶走了= w=經過種種試煉，終於來到了神殿的最深處，迎接我們的卻是奇異又高級的石頭陣...
(試煉分為好幾種，簡單介紹一下，第一個是不能跳躍，可以靠推箱子來擋住敵人的魔法彈，慢慢推進，第二個是不能停止，這個比較簡單，一直跑就OK ，第三個是不能跑而且不能放魔法，這個稍微麻煩點，不過可以攻擊，到地圖左側去把那些噴魔法彈的東西打掉後，沿著邊緣前進，第四個是不能用武器攻擊，那自 然就用魔法來打，推薦魔之彈..第五個是不能閃避，敵人防禦比較噁心攻擊也高，建議使用大威力的魔法，比如黑之手)
BOSS：石頭陣
這 BOSS比較噁心，開始可以上前，依靠黑之手或者黑之槍的減速效果來瞄準紅色方塊打，全部打完後，先拖一會時間，等KAINE出現，之後當BOSS用手敲 地板的時候，他的手上的方塊才會變成紅色，這時候把紅色方塊全部打掉，BOSS進入下一階段，最後個階段基本就是射擊遊戲了，建議使用黑之槍來瞄準紅色方 塊，打起來會比較快而輕鬆一點。
原來，王子是去沙之神殿尋找王家的假面。 “自從先父過世之後，我國就頻臨了各種危機，民眾也失去了笑容，但是只要有這個假面在，他國就不敢小瞧我們了，我們也一定能重新振作起來。規定並不是為了 束縛，而不是為了自由而存在的!這是先代之王所教導我的話，我已牢記於心，現在的我，配得上做一個王麼?”“當然了!”。 作為回報，王子答應滿足NIER一個要求，NIER提出“如果有不妥當的規定，希望可以通過民眾投票來更改”，王子也欣然承諾。 但是，王子並不知曉關於黑文病的治療方法，NIER又再次回到了起跑線上，只能先回去看看妹妹的情況。
村子 <BR>回到家中，尤娜顯然覺得寂寞了，“哥哥，今天會和我呆在一起麼?”
分支1：今天留在家中分支2：今天外出 <BR>身為妹控(恩?這話我說了好多次?)，今天必須留在家中!尤娜也特別開心，能看到妹妹的笑容，NIER也別無所求。 可能是由於累了的關係，NIER做了一個夢，但是，甚至在夢中，他也一直想著封印之咒語，想著如何去救助自己的妹妹，而夢的最後，浮現出的話語，則是“神話之森”，這到底有何联係呢?NIER決定去一探究竟。 正好，POPOL也表示神話之村的村長寄來了一封奇怪的信件，這更堅定了NIER前去的決心。
神話之村
陰氣的森林，讓人毛骨悚然。 村長告訴NIER，最近這一個月，一種名為“死之夢”的病迅速的傳播了開來，這是一種一旦睡下就再也起不來的病，村長為了追查這病的根源，而倒下了，現在唯一知道的就是，這種病是通過語言這一特殊的媒介來傳播的。 NIER決定進入森林中，尋找解決的方法。
經歷了各種語言試煉(其實是猜謎，試煉分別選擇秘密，日光，人間。)，NIER終於解開了死之夢的封印。 醒 來後，NIER告訴村長，在最後一個試煉中，他遇到了一個與村長極其相似的人，他說“在很久很久以前，我見過你，雖然和現在你不一樣”，村長似乎知道了什 麼，也說“其實，我也覺得以前在哪裡遇見過你”，看到NIER吃驚的表情，村長笑了，並表示這可能只是死之夢給人帶來的錯覺罷了。 事後，NIER也從神木中得到了封印之咒語，“原來，助人還能利己。”NIER對此感到欣慰。
村子 <BR>回到村中，POPOL告訴NIER他妹妹正在找他，到底是什麼事情呢?NIER趕緊回到了家中，妹妹告訴他說，他的筆友生病了，所以尤娜希望NIER能夠去幫幫他，“是男孩子..?”，“恩”，此刻NIER肯定心情複雜吧.....
分支1：既然是尤娜的請求，我怎麼能拒絕呢分支2：還是該快點治好尤娜的黑文病
洋館
NIER選擇了答應她的請求，畢竟這是妹妹難得的朋友啊。 來到南方的洋館，氣氛顯得有點陰森，執事帶他進了一個房間後就離開了。 耐不住寂寞的NIER開始四處探索，回來時卻發現KAINE不見了，只能再次去尋找。 來到一個房間內，發現一名少年正在彈奏著鋼琴，優美的旋律卻配合不起這個洋館恐怖的氣氛。 這個少年，眼睛上纏著繃帶，難道就是尤娜所說的人麼?少年自稱艾米爾，是這個洋館的主人，但是他對信件的事情卻毫不知情，難道不是他?NIER想要靠近他，卻被制止，“不行!危險，我的眼睛，會把人變成石頭”。 艾米爾雖然對信件不知情，但是卻告訴NIER執事可能知道些什麼，遞給了他星之鍵和館內的地圖。 終於找到了執事，他告訴NIER，和尤娜通信的人其實是他，目的只是希望能有勇者來幫助恢復艾米爾的光明，而治療的方法正在這個洋館之中。 “如果可以的話，我當然想自己去尋找，但是那個地方魔物太多，我的能力實在是..”，“別這樣，怎麼能這麼麻煩客人呢?”艾米爾顯得有些不好意思。 “我知道了，我去。”，“你就那麼想當勇者麼?”白之書對這個好管閒事的傢伙實在忍無可忍了，“有困難的時候就該互相幫助嘛，而且，反正也得去找KAINE啊”。 來到一處圖書館似的房間，“這裡的話，一定有治療我眼睛的方法吧”，突然一本書從書架中飛出，並發出詭異的笑聲。
BOSS戰：書
攻擊比較單調，就是放出無數的書頁，只要用魔法彈來一一消滅就可以，之後就上去砍本體，反复即可。 一定HP之後，攻擊無效化，KAINE出現。 之後攻擊就奏效了。
BOSS被擊敗後，從飄落的書頁中，NIER發現了記載了石化解除方法的一頁，但是，卻被暗號化了..執事表示無論花多久的時間，都要解讀這個暗號。 (執事的名字是吐槽點，賽巴斯醬)
“尤娜，還差一點點，還差一點點，封印之咒語就要收集齊了，之後，就差尋找黑之書了”。 “哥哥，請千萬不要討厭我..”，“怎麼了啊，說這種傻話”，“就算我身上出現許多黑色的文字...也請不要討厭我..”。 “不會的!別擔心，我去POPOL那裡拿點藥來”。
村子
POPOL表示藥已經沒有了，讓NIER去南門附近尋找調和材料。 此時，映入眼簾的卻是疲憊不堪的艾米爾。 “快..從這裡離開，魔物...”，外邊突然一聲巨響，看來魔物的魔爪終於伸向這座村子了!
BOSS戰：巨大魔物
共 分為3個階段，第一個階段有威脅的只有砸地拳，靠跳躍來躲開衝擊波，另外雜魚也比較多，注意HP...第二階段可以爬上高台，這里相對容易打許多，可以打 手，也可以用魔法砸它的嘴巴里，第三階段就是打腳，一定HP後KAINE出現，之後打空他HP，再跑到圖書館那邊的高處，用魔之彈不停攻擊頭部即 可，BOSS攻擊基本靠衝擊波，跳躍時機把握好就沒問題。
BOSS戰：觸手魔物 <BR>不停的攻擊觸手，然後本體，相對前面一個來說簡單了不少，小心旋轉攻擊即可。
雖然把魔物打進了地下室，但是NIER卻被地上突然出現的黑刺刺穿了肩膀，從地底出現的人，和NIER有些神似，而且，他還帶走了尤娜。 看來，它就是魔物之王，同他一起的，還有黑之書。
“終於見到你了，白之書”，“你，你這傢伙是誰?”，“哈哈哈，我是黑之書，也就是你本身”，“你說什麼?”，“白之書啊!你難道還沒有想起來麼，我們真 正的目的”，“少口胡!”，“看來你是不願想起啊..真是愚蠢。我們是為魔王而生之書，只能對魔王示以忠心!”，“我們的目的是...”，“白與黑，當我 們融合在一起之時，將魔物解放與這個世界!”，“讓你與那小鬼接觸，以及收集封印之咒語，都是吾王之意志!”正當白之書被洗腦之時，KAINE的一番話罵 醒了它..“我們是相輔相成的，合二為一，對於這個世界是必須的!我們的存在，正是為了樂園!”眼看黑之書就要吸收掉白之書之時，白之書突然放出一陣強 光，恢復了自我。 “不可能!我們的存在，必須合二為一才有意義!”，“我管你那麼多，我就是我，而且，我還有同伴!”，小白的一番話感動了眾人。 與魔物之王的戰鬥一觸即發!
BOSS戰：黑之書 <BR>開始先清理雜魚，之後到一定程度就能攻擊本體了，和先前那個書BOSS攻擊方式差不多，但是此時我方的魔法是無法使用的，因此要小心書頁攻擊，打掉一定HP後就能一個個取回魔法了，之後就簡單許多...和先前的BOSS一樣打法。
眼看黑之書的攻擊就要打到小白，NIER挺身而出，但是卻身負重傷。 “總有一天，一切都會回到我們的手中!”黑之書說完，便和魔物之王一同離開了。 而此時，KAINE也支撐不住了，她要求艾米爾將其石化，連同身後的魔物一起。 “不行，我做不到，這是自殺!”，“你的力量，難道不是為了守護同伴麼?快!我已經支撐不住了!”
分支1：將KAINE石化，封印魔物分支2：就這樣全滅
雖然於心不忍，但是這也是萬不得已，而且，這也是KAINE所希望的結局吧。 艾米爾緩緩摘下了眼睛上的繃帶，KAINE望著他，“以後可別再哭了”。 石化漸漸蔓延了KAINE全身...“等著，尤娜，等著，KAINE，我一定會...”。
5年後.....
NIER依然做著保衛村莊的任務，“沒想到，魔物已經那麼快就進入村內了”，“而且，居然還穿著甲胄”，“都是魔王!自從那一天起，一切都改變了!”。 5年之間，NIER一直在追查魔王的下落，但是無果，世界上，因為黑文病而死去的人越來越多。 NIER堅信著，只要不斷與魔物鬥爭，總有一天，會找到魔王的下落。
從來信中得知，艾米爾知道了解除石化的辦法，讓NIER趕快過去。 雖然5年過去了，但是艾米爾一刻都不曾忘記過KAINE，正是因為他們身上有著相同的命運，才讓艾米爾對KAINE有著一種特殊的感情吧。
洋館 NIER立刻動身，前往洋館。 從艾米爾那邊得知，洋館內有個地下室，而解決的方法，就藏於其中。
來 到這個酷似實驗室的地下設施，衝破魔物和機關的層層阻礙，NIER和艾米爾兩人緩緩前進，但是，走的越深，艾米爾的頭痛就越發強烈，彷彿是什麼東西在喚醒 他沉睡的記憶，而這個記憶，一定破碎不堪...以至於使得他那麼痛苦吧...實驗體，完全形態計劃，6號，7號...一幅幅畫面在艾米爾的腦中浮現，而到 了最深處，看到了掛在牆壁上的魔物時，艾米爾才想起了一切，原來，他並不是人類，而是一個究極兵器的實驗體，代號是7號，掛在牆壁上的，則是他的姐 姐...實驗體，6號。 艾米爾所說的方法，正是吸收6號強大的魔法力量，來破除石化，艾米爾故意被怪物吞噬，看來惡戰在所難免。
BOSS戰：實驗體6號 <BR>這個BOSS有些特別，物理攻擊對其無效，只能用魔法來打，不過其攻擊手段比較少，主要是魔法彈，可以靠防禦解決。 它在地上時候，就用黑之手攻擊，在牆壁上時就用黑之槍射它...
由於NIER外部的干擾，使得艾米爾順利的吸收了它的力量，但是一陣強光過後，出現在NIER面前的，不再是那個纏著繃帶的小男孩了，而是一個略顯恐怖的，骷髏狀的生物，和6號...幾乎長的一模一樣。 艾米爾此刻心情複雜，以前是被詛咒的眼睛，現在，他的存在本身都讓自己覺得厭惡。 "無論你變得怎麼樣，我們永遠都是夥伴。艾米爾就是艾米爾。怎麼樣?現在眼睛，能看到我了麼?"。 "恩，和想像中一樣的帥呢。"NIER的安慰，使得艾米爾稍微好受一些，而這一切，都是為了KAINE。
村子 <BR>回到村中，艾米爾立刻趕到圖書館，用自己的力量解除了KAINE的石化。
BOSS戰：觸手魔物 <BR>就是5年前那隻，一模一樣...所以也和5年前一樣送他回老家結婚吧。
而當KAINE醒來的時候，艾米爾卻又不敢正眼看她，他擔心自己丑陋的身軀，會被KAINE嫌棄..."艾米爾...是你喚醒我的吧"。 "KAINE小姐..你還認得出我?""那當然了，因為艾米爾就是艾米爾啊。"我想，如果他的眼睛還能流淚的話，早已經淚流滿面了吧。 總算救出了KAINE，但是DEBOL和POPOL卻表示不能讓KAINE和艾米爾住在村子裡。 為什麼!明明是他們救了這個村子，為什麼!NIER覺得這簡直荒謬，但是，POPOL他們也有自己的理由，畢竟如果他們住在村子裡的話，會讓村民感到不安吧。
從POPOL那裡得知，石之神殿有魔王出沒的消息，但是，那邊的路已經因為倒塌而被封死了，幸好，POPOL告訴他們，還有一條小路，能通往那裡。
石之神殿
坐船再次來到石之神殿，這裡的魔物已經不是5年前所能相提並論的了，看來，說魔王在這裡也不是空穴來風。 來到祭壇處，守衛再度向NIER發起了攻擊。
BOSS戰：守衛 <BR>攻擊方式和以前差不多，注意他身上有防護罩的時候無法傷到他，先把周圍的魔物都滅光才行，幾次ATTACK GAGE後便能擊倒。
在和守衛的戰鬥中，KAINE不幸被其武器刺穿了胸膛，身上的黑色文字慢慢浮現出來，眼看就要暴走，她讓NIER和艾米爾兩人別管她，快離開。 但是，身為同伴，NIER他們又怎麼會丟下她一個人呢...
BOSS戰：KAINE
動作迅捷，還會爬牆，在牆上可以用黑之槍打下來，然後猛砍，一定HP後就自動劇情了。
KAINE終於恢復了清醒。 "KAINE小姐，不管多少次，不管多少次，我們都會幫你恢復理智，所以，請不要再說什麼丟下你，我們是同伴啊!"艾米爾又急又氣，意外的可愛呢...不過這一切，都是出於對KAINE的關心。 來到祭壇處，NIER得到了迷之碎片，但是不知道到底有什麼用，群眾紛紛表示這種時候只要找POPOL就可以了...
村子 <BR>回到村中，POPOL告訴NIER，要收集全部的5塊碎片，才能開啟通往魔王城之路，而現在知道的，只有機器人山和神話之森，另外兩片還需要慢慢研究。
機器人山
來到機器人山，發現只剩下弟弟一個人在這裡，當被問及哥哥的下落時，弟弟的頭立刻垂了下來，原來，哥哥為了救他，而被鐵板壓死了。 NIER也明白，在這個動蕩的世界，生死早已見怪不怪了，更何況，他們做著如此危險的工作呢。 強化完武器後，弟弟請求NIER幫忙去殺死山中那個和機器人在一起魔物。 由於多年來受到他們兄弟兩的關照，NIER也不便推辭。
來到山中最深處，機器人P33赫然出現在眾人面前，而它頭頂上，有一隻魔物，彷彿是在操縱著他一般，身經百戰的NIER表示問題不大，順利擊破了機器人。 弟弟也算是報了一箭之仇。 而NIER也得到了機械碎片。
BOSS戰：P33
半血之前和一般的雜魚機器人沒區別，就會踩地衝擊波和魔蛋，到了半血後，他會有一招飛天攻擊，只要一直跑動就不難躲避，打掉機器人後虐魔物，魔物很菜......
神話之森 <BR>村長告訴眾人，神木那邊有異樣，讓NIER過去看看。 於是一番試煉再度開始了...順利通過後得到記憶之樹碎片。
村子 <BR>順利得到兩塊碎片，一時沒有了頭緒，NIER想先回村里看看POPOL的研究是否有成果。 路過郵箱時，發現假面之王發來了請帖，邀請他們去參加婚禮。 那個小男孩，也到了結婚的年齡了麼，NIER你感覺如何了吖?來到久違的假面之街，王的助手告訴NIER，王的結婚對象正是FYRA，也就是當年給他們帶路的那個小女孩。 緣分妙不可言。
假面之街 <BR>第二天，大家興高采烈的舉行了婚禮，花瓣，歡笑，充滿了整條假面之街，王也帶著他的妻子出現在了眾人面前，但是正當他們要舉行儀式之時(接吻)，一隻與眾不同的黑狼突然竄出，並咬住了FYRA，甩在了牆壁上。 "是魔物!"NIER等人立刻迎擊。
BOSS戰：狼 <BR>速度很快，建議先解決掉小狼，要注意的是他有一招放出許多的風刃，全吃的話很容易就會死，由於速度快，建議用魔法蓄力時候的減速效果來應付他，HP一半之後它會撤退。
第二天，假面之王執意要去狼的巢穴，而助手，帶著一群士兵，再一次檔在了他的面前。 "我想王你應該知道你自己的身份，是這條街的王...但是，在那之前，你更是一個深愛著王妃的好丈夫!"說完，他轉過了頭大聲說道"我們的王，是誰!"士 兵們異口同聲的回到"是假面之王!是假面之王!""我們的王妃是誰!""是FYRA!是FYRA!""是誰殺死了我們的王妃!""是該死的狼!是該死的 狼!""那麼，我們應該怎麼做!""手刃它們!為王妃報酬!手刃它們!為王妃報酬!"假面之王此刻的心情，實在是無以言表。 沒有什麼，能比得到國民的理解，更令人高興了，但是此刻，更重要的，卻是為他的妻子報仇雪恨。
來到了沙漠深處，終於找到了那隻黑狼。 大家都像打了雞血一樣，衝了上去。 面對士氣高昂的假面部隊，黑狼還是敗下了陣來，被王用長矛刺穿了整個身體。 而NIER，也得到了忠誠之地獄犬碎片。
村子 <BR>回到圖書館中，POPOL告訴NIER，崖之村那邊開始了商賣活動，這對於那個死氣沉沉的村子來說簡直是不可思議的，因此NIER決定過去看看，說不定能有什麼碎片的線索。
崖之村 <BR>來到村長那裡，他卻表示毫不知情，讓他自己去集市那裡看看。 NIER立刻發現那裡的人十分詭異，儼然是被魔物附身了，清理掉一些雜魚之後，一個眼球狀的巨大魔物赫然出現。
BOSS戰：眼球魔物 <BR>攻擊主要靠魔彈，當它靠近平台邊緣的時候可以用劍上去砍，建議片手劍，不然容易被打斷，之後劇情，要繞到它的背後用魔彈或者遠距離魔法攻擊，注意繞的時候要繞到較高的上方，下面是沒用的，最後階段就輕鬆了，直接魔彈解決。
魔物實在過於巨大，NIER的力量顯然無法消滅它。 此時，艾米爾終於使出了他真正的力量，但是，由於威力過於強大，使得整個村子都被毀滅了，這就是最終兵器的威力麼?看到村子因為自己的關係被毀滅，艾米爾沮喪不已，認為這一切都是自己的錯。 "這是沒有辦法的事情。記住，不管發生什麼事情，我們都會在你身邊"。 艾米爾因為這一番話，稍微恢復了一點元氣。 NIER他們也得到了最後的祭品之碎片。
村子 <BR>終於湊齊了5塊碎片，接下來，要做的就是沖向魔王城，奪回自己的妹妹，NIER暗自下定了決心。
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