第一章宮本武藏
機時刻，一個大叔救了遙出來，並告訴她“到祗園去找桐生一馬之介就行了”，但並沒有告訴她殺她全家的兇手就是宮本武藏。 而遙拿著的那把刀則被她認定為凶手所用，通過在近江的小鎮上打聽，遙得知手中的刀是宮本武藏的，所以才認定宮本武藏就是兇手。
而桐生則以“不認識宮本武藏”為由再次拒絕了遙的請求。
此時故事追溯到序章劇情發生之前的5年。 宮本武藏（也就是桐生）正在自己的武館教導學生劍術，此時德川家劍術師範丸目長恵，以委託為名來到宮本武藏經營的道場。 丸目要求宮本參加一個試驗，並希望宮本能夠跟隨他為德川家效力，而試驗的內容則是和丸目打一場，以測試宮本的實力。 雖然在與丸目的較量中敗下陣來，但宮本對戰鬥的強烈好奇心卻引起了丸目的興趣。 以丸目的話說，就是“宮本具有一個劍士應該有的素質，和對殺人強烈的慾望”。 於是桐生便跟隨丸目加入了東軍，也就是德川家的部隊。
在一次大戰的前夜，德川家的武士們聚在一起喝酒，而宮本則因為拒絕真島五六八敬酒的要求與其起了衝突，在兩人打得不可開交時，丸目出現並阻止了兩人。 隨後一名名叫天海的僧人出現，從丸目對其的態度來看，天海應該是德川手下的重臣。
隨後，丸目宣布了一個危險性極高的秘密暗殺一名“叛徒”的任務，宮本自願前去，就這樣，他與一同被丸目雇來充當殺手的劍客真島五六八一起，秘密潛入到了暗殺目標所居住的房屋準備行動……
暗殺任務雖然成功，但宮本卻沒有想到暗殺的“叛徒”竟然是德川的兒子——結成秀康，並且結成死前留下了一句“一定要幫他把弟弟從天海手裡救出來的遺言”。 此時，兩人的行踪被發現，隨後，宮本和真島兩人逃到了事先和丸目約好的一座舊寺廟裡。
第二章關原的陷阱
兩人在舊寺廟裡互相了解瞭如何被丸目拉攏至德川家的經過，而第一次殺人的宮本也逐漸從恐慌轉變為了作為一名劍士成功擊敗對手的興奮，而就在此時，丸目來到了寺廟。 但令兩人沒想到的是，丸目卻是帶人來殺他們的。 宮 本和真島奮力殺出一條血路，卻沒想到剛出得寺廟卻又碰上了另一隊來追殺自己的人，萬分緊急的情況下，宮本使用自己“無門無派”的二刀流擊倒了眾多敵人，但 卻始終敵不過一個叫做佐佐木小次郎的劍術高手，真島也在和他的戰鬥中被廢了一隻眼睛（終於要回歸二代的獨眼龍造型了），宮本武藏在無奈之下只好拉著受傷的 真島跳下懸崖，才逃過一死……
第三章誓言
“這把，是你哥哥的刀。”在一個寧靜的小村里，宮本走到一個年輕的女子麵前，舉起了手中的短刀。
畫 面回到宮本和真島逃出來的時候，兩人互相攙扶著來到一處吊橋，“這就是你說的橋麼？”，真島點了點頭，隨後將腰間的刀卸下並交到宮本手中，“我感覺我快不 行了，你還是自己趕快逃吧。如果我死了，請把這把刀交給我妹妹。”宮本當然不會丟下真島不管，但還是收下了真島的遞過來的短刀。 就在這時，追兵從橋的對面趕來，宮本將真島安頓在身後，獨自上橋擊退了追兵，可萬萬沒想到另一隊追兵從身後趕來，並已經將真島包圍起來。
情急之下真島拔刀砍斷吊橋，和追兵一起掉落了萬丈深淵……
“我不要這把刀，這對於我來說無所謂！”沒想到面前的女子得知真島的死訊後竟然是這種反應，但既然是同生共死的兄弟的遺願，宮本怎能就此放棄？ 於是他又來到了女子家中。
“別和我說這把刀和他的事情了。如果你願意，可以在這裡洗個澡換身衣服，現在你這身打扮會嚇壞村里的人的。”
見女子態度強硬，宮本只好暫時作罷。 洗完澡換完衣服，宮本發現女子已經做好了飯菜。 席間，宮本再次提起了刀的事情，無奈之下女子只能道出實情。
女子名叫“浮世”，與真島並不是親生兄妹關係，而且真島竟然還是她的殺父仇人。 浮世的父親在當時的上野國一個名叫“桐生”的地方的武館裡教劍術，而浮世的母親則在她小的時候就去世了，父親帶著浮世和她的姐姐“揚羽”三個人一起生活，雖然不富裕，但總算生活安穩。 在當時，浮世的父親可以稱得上是一個相當有名的武士，所以真島向他提出了挑戰，站在武士的角度，浮世的父親不能逃避這場比試，但卻在比試中被真島所殺。 失去了父親的姐妹倆從此以後離開桐生這個地方，過著流離失所的生活，而姐姐為了生計，則賣身去了“遊廊”，浮世則靠姐姐賣身留下的錢生活。 一次偶然的機會，浮世又碰到了真島，而真島則為了減輕殺死浮世父親的負罪感，一直很細心地照顧浮世，把她當妹妹看待。 浮世也不想整天想著殺父之仇，所以當浮世得知真島的死訊後才有了一種安心的感覺。
就在說出這些話的同時，浮世的眼中一直含著淚水，為了掩飾這些，她起身到外面去拿酒。 卻不想又碰到了追殺真島而至的德川手下，宮本用真島的刀將追兵打敗，卻沒有下殺手，“在沒有得到這把劍主人允許的情況下，我不會用它殺人的。”
可兩名追兵卻留下了一句“你逃不掉的”就剖腹自殺了。
宮本看著眼前的屍體，感慨萬千，“也許真如真島所說，劍士的下場都是如此悲哀啊……”，於是他做出了不再用劍的決定，並且要留下保護浮世。
一年後，一個再平常不過的日子，宮本在地里幹活。 而浮世則出來叫他回家吃飯，從浮世對宮本的稱呼來看，兩人已經結為夫妻。 在席間，浮世拿出兩把刀遞給宮本，宮本則十分詫異，“你為什麼給我這個？”，“你總會變回劍士的”浮世撫摸著刀把上的兩個紅色的鈴鐺，“這是母親的遺物，以後你用這兩把刀時就會想起我的。”
宮本則十分生氣，放下手中的飯碗，轉身就要出門繼續下地干活，“我說過不再用刀了，你把它們趕緊收起來吧。”
而就在這時，鄰居大叔從村口慌慌張張地跑了回來，嘴裡還喊著：“出大事了、出大事了！”浮世趕忙上前詢問到底發生了什麼事情。 “有一夥兇惡的盜賊吵吵著向村里來了，他們好像在找什麼人，你們趕緊逃吧！”
正說著，這夥盜賊已經站在了幾人面前。 為首的一個手裡拿著一張紙上下打量著宮本，“餵，兄弟，你認識住在這裡的真島嗎？”
“不認識。他已經死了。”宮本擋在浮世和大叔面前，浮世則趁機帶著大叔跑回了各自家中。 可盜賊的首領還不死心，下令搜索整個村子。
“你們沒聽說和真島同時懸賞的還有另一個人麼？”宮本用這句話將盜賊頭目的注意力重新吸引了過來，他拿出身上的另外一張紙，再看了一眼眼前的男人，大吃一驚，“你、你就是宮本武藏？”
此時，浮世從家中取出剛才那兩把刀跑過來遞給宮本，可他卻沒有接，“不用刀也能對付他們。”
雖然宮本赤手空拳將這夥盜賊打倒，但代價就是不夠徹底，躺在地上的一個盜賊雜兵使出最後的力氣用飛刀刺傷了宮本的腿，而盜賊頭目則在這時對準宮本舉起了刀……
危機時刻，浮世拔出刀將盜賊頭目砍傷，但同時奄奄一息的盜賊頭目也在倒下前給了浮世致命的一刀……
倒在宮本懷裡的浮世顫抖著將係有紅鈴鐺的刀遞給宮本，“拜託了……用這把刀去救人……真正強的劍士，不是用刀殺人，而是… …用刀救人……”，“我答應你，我答應你，不要死啊，浮世！”宮本接過刀，已經泣不成聲。 “能與你相遇，真的……很快樂……”，說完浮世便永遠地閉上了眼睛……
傷心欲絕的宮本將浮世腹部的短刀拔出，卻不想這一幕正被此時出來的鄰居大叔看到，大叔誤以為是宮本殺死了浮世，叫喊著跑出了村子。
宮本見此地已經不能再待下去了，便收起浮世留下的兩把刀，拖著受傷的身體，向村外走去……
第四章新的人生
已經疲憊不堪的宮本不想在路上又遭遇了賞金獵人的伏擊，而且是一波未平，一波又起，在戰鬥中再次受傷的宮本眼看已經連刀都握不住了，眼前要取自己人頭的人又是一撥接著一撥。
“你們可真吵啊!”眼看著賞金獵人就要向身受重傷的宮本下手時，突然從旁邊傳來了一個蒼老的聲音，緊接著一個老僧人從旁邊的石柱後面走了出來。
宮本沒有想到這個迷之僧是個深藏不露的高手，僅僅空手就將幾個帶刀的賞金獵人制服了。 迷之僧人將宮本帶到一處寺廟，並為他制好了傷。 深夜，兩人聊了一會，宮本就疲憊地睡去了。
第二天一早，醒來的宮本發現迷之僧人已經不見了，並留下一封書信和一身乾淨的衣服。 信上寫著“宮本先生，如果你想找到新的人生，就到祗園來，我在那裡的大門口等你。”
於是，宮本換上衣服，帶上浮世留下的刀，出門奔書信上所說的祗園而去。 一路經過清水寺等地並解決了許多“野武士”終於來到了祗園的大門前，宮本遠遠地看到迷之僧人早已等在了那裡。
第五章價值一兩的願望
時間轉眼又過了四年，故事又回到了故事序章結尾處的1605年的龍屋裡。 小女孩的要求桐生始終不肯答應，藉口則是小女孩沒有錢。 此時正趕上鶴屋的人路過門口，小女孩遲疑了一下跟了上去，接下來的事情則讓桐生大吃一驚，小女孩竟然主動提出要賣身做遊女。 就這樣，她被帶回了鶴屋。
桐生看著小女孩帶來的刀，心裡十分擔心，於是便繞到了鶴屋的後門想去看看小女孩怎麼樣了。 在後門處正巧碰上了伊東和吉野，從吉野的口中桐生得知，小女孩的名字叫做遙，而令桐生沒有想到的是，小女孩將自己賣掉的價格僅僅為一兩。 桐生拜託吉野好好照顧小女孩後便回到了龍屋。 正當他回想白天所發生的事情時，突然傳來了敲門聲。 桐生開門後才發現，敲門的正是遙，只不過她已經經過了一番梳洗打扮，身上也換上了鶴屋遊女所特有的漂亮衣服，顯得要比白天俊俏了許多。
“你說過只要有錢就做什麼都可以是吧？”遙邊說著邊將自己賣身得來的一兩金幣遞給了桐生，“那麼，請替我殺掉宮本武藏報仇吧！”
桐生看著手中的一兩金幣，再看看面前的少女，“我還是不能答應你，殺人不是你想的那麼簡單，你現在把錢換回鶴屋，回頭還來得及，不然你就得在這裡待一輩子了。”
“可是，我的父母家人都已經被殺害了……我……我現在只剩下孤單一人了……”說著，遙的眼睛裡流下了眼淚。 看到這一幕，桐生想起了同樣說過“自己只剩孤身一人”這句話的浮世，不免有些心軟了。 在經過了一番思想鬥爭後，桐生終於答應了遙的要求。 看著遙擦著眼淚遠去的嬌小背影，桐生的感覺很微妙。 不過分明自己就是宮本武藏，到底要去找誰報仇呢？ 於是，桐生決定去找伊東打聽打聽消息，而伊東對於這件事也毫無頭緒，不過他推薦給桐生一個人——住在河原町的著名藝術家，本阿彌光悅。
桐生在洛外町頗費了一番周折才搞到一張偽造的通行證並成功來到了河原町，一路打聽之下終於來到了本阿彌光悅的住處，在談話中才得知，原來這個表面是藝術家的人實際上手下卻養著一大幫忍者在各地幫其收集情報並出賣。 桐生向光悅提出了自己要尋找宮本武藏的下落，而光悅則反過來表示要桐生先為其完成一個事情才會將宮本武藏的情報告訴他，桐生只好答應。
原來前幾天光悅的一件非常珍貴的藝術品被偷了，希望桐生幫他把東西取回，而偷了這件東西的人則是最近非常猖狂的盜賊團的首領——穴戶梅軒，傳聞該男使用鎖鍊為武器，頗有點手段。
從林道的小路來到盜賊團的老窩所在地的一個山洞中，躲過了無數各種陰險的機關、擊倒了大批擋路的盜賊，終於在洞窟的深處見到了這個穴戶梅軒，可是……眼前這個人分明就是五年前死去的真島五六八啊！ 可是對方並不認得桐生，並且步步緊逼，拳腳鎖鏈相加。 無奈之下，桐生只好先拔刀應戰。
將穴戶梅軒擊敗後，他倒是十分爽朗，很痛快地將從光悅處偷來的藝術品交給了桐生。 在桐生的詢問下，才得知這個穴戶梅軒曾經失憶，是4年前被盜賊團的老大穴戶收留的，而後來盜賊團的老大死了，他便坐到了盜賊團首領這個位置。 而穴戶梅軒對於面前的桐生也很佩服，並聲稱有一種“早就相識”的感覺，兩人經此一戰可以說成為了朋友。
桐生回到光悅處將被盜藝術品還給了他，並繼續詢問宮本武藏的下落，卻沒想到其實自己早就已經被光悅認了出來就是五年前刺殺了德川嫡子結成秀康的宮本武藏本人。 光悅推斷殺害遙全家的這個人是冒充的宮本武藏，而根據光悅派出去的手下發回的情報，這另一個宮本武藏目前經常到位於全國的各個道場去踢館，而他的下一個目標則是——吉岡道場。
第六章吉岡道場
龍屋裡，桐生將從光悅處得到的情報告訴了伊東，並告訴了他自己準備潛入吉岡道場的決定。 而聽完伊東的話後，顯然桐生將這件事想得過於簡單了。 首 先，桐生如果要加入吉岡道場的話，必須要通過入門考試，也就是吉岡道場會派出劍術師傅來和桐生交手，如果桐生的實力得到認可才可以進入道場，而吉岡道場是 天下聞名的著名劍術道場，高手雲集，想通過入門考試並非那麼簡單，桐生之前只是在祗園里和一些小混混交過手，並沒有什麼和真正的劍士交手的經驗。 其次，吉岡道場作為著名的大劍術道場，門下生全是各流派非常有名的劍士，所以桐生想進入吉岡道場還得有名門劍士的推薦。
要說劍術實力桐生應該沒有什麼問題，但這個“名門劍士的推薦”就十分難辦了，正在兩人一籌莫展時，伊突然想起了一個人。 伊東告訴桐生，實際上吉岡道場里分為兩派，一派為以當主“清十郎”為首，而另一派則是圍繞在其弟弟“傳七郎”周圍的年輕劍士，而兄弟兩人實際上並不是十分合拍。 當主清十郎平時以生意為主，最近在祗園十分流行的布料“拳法染”就是清十郎的生意，而其弟傳七郎則主管道場方面，所以想進入吉岡道場突破點在傳七郎這邊。
伊東給桐生出的計策是“賄賂”——最近傳七郎門派中的中心人物“祗園藤次”經常到鶴屋來玩，並且當夜還會來，到時候伊東會將他引到鶴屋的後門去，而桐生則趁此機會賄賂他。
於是兩人依計行事，當夜，桐生早早地來到鶴屋的後門等待祗園藤次的出現。 卻不想在這裡見到了遙被兩個遊女欺負，幸虧吉野及時出現才免得桐生出手。 而祗園藤次果然也在這時出現了，當他正對遙動手動腳時，桐生走了出來。 桐生直來直去，表達了想通過藤次的幫助進入吉岡道場的意願，並將一筆錢交到了他的手上。 稍加考慮後，藤次答應了桐生的要求，同意推薦他加入吉岡道場。 “我可以推薦你進道場，但剩下的入門測試就要靠你自己了，最好小心點，吉岡可愛的門下生們很可能殺了你哦。”說完，藤次就轉身又進入了鶴屋風花雪月去了。
搞定了推薦這個難題，剩下的就是入門測試了，桐生決定先修行一番做好準備再去，於是就在各地的道場以及光悅處刻苦地修煉了一段時間劍術。 隨後，在認為自己劍術已經有了長足的進步後，桐生收拾行囊，出發去了吉岡道場。
在吉岡道場門口，桐生遇到了藤次，他將桐生帶進了道場內。 道場正中央兩個人正在切磋劍術，旁邊兩排坐得整整齊齊的弟子在聚精會神地觀看。 “那個就是吉岡道場門下生中最厲害的一個人，植田”，就在藤次向桐生介紹的這一句話的工夫，植田已經將對手擊倒在地。 “誰是下一個？”植田囂張地向其他人宣戰，但兩旁的人都坐在原地紋絲不動，沒有人敢上前。
“呵呵，就讓我看看能從關原活下來的你的實力吧！”藤次冷不丁蹦出這麼一句話，便臉帶微妙笑容地坐到一旁去了。
桐生主動挑戰了植田，在交手中發現，吉岡道場第一弟子也不過如此，抓住對手一個破綻，桐生果斷出劍，植田倒在了地上。
“好劍法！”身後突然傳來了一聲叫好聲，桐生回過頭來，一個衣著劍道服的人走了過來拉住了他的手，可以看得出他很激動，“真是非常漂亮的劍法，敢問閣下大名？在下吉岡道場劍術師范吉岡傳七郎”，原來面前這個人就是吉岡道場的主管，於是桐生報上了自己的姓名。 隨後傳七郎表達了自己希望桐生加入吉岡道場的強烈願望，可當他得知桐生無門無派也沒有名師指導時，態度立刻有了一百八十度的轉變，表示被稱為名門的吉岡道場無論如何也不能收一名浪人做門下生，即使他劍術再高超。
這時，又有一個人走進了道場，並通過了桐生進入吉岡道場的請求，這個人就是傳七郎的哥哥，吉岡家的現任當主——吉岡清十郎。 傳七郎則表示極力反對，於是清十郎決定與桐生進行一場真劍對決，如果桐生贏了的話便可以加入吉岡道場。 說著，清十郎到場邊選了兩把刀，將其中一把遞給了桐生。
清十郎劍術非常高超，桐生費了很大力氣終於將其手中的劍砍成了兩截。 傳七郎見到哥哥輸了，心想桐生進入吉岡道場已成定局，便起身憤憤離去了。 “對不起，桐生先生，我為我弟弟的失禮向您道歉，吉岡道場以後就拜託你了。我還有些事情，先失陪了。”說完，他也離去了。
“恭喜啊，你現在已經成為吉岡道場的一員了。”藤次站起身來，對桐生表示祝賀。 “天下聞名的吉岡道場當主，實力就是這樣麼？我完全感受不到他想要將我擊倒的殺氣，這樣在戰場上豈不是連蚊子也殺不了？”桐生對自己如此輕鬆達成目的感到有些奇怪。 “呵呵，看來你看人的目光還是不夠凌厲啊”，說完，藤次將剛剛清十郎手中的刀扔了桐生。 桐生經過一番查看後大吃一驚，“模型刀？！”，藤次一語道破天機，也許清十郎就是故意敗給桐生的。
兩人出得門來，桐生抓住剛才藤次“呵呵，就讓我看看能從關原活下來的你的實力吧！”這句話向他詢問為什麼藤次會知道他的真實身份。 原來藤次也在五年前丸目長恵招集到關原的部隊中，那時他就見過桐生了，所以當他在鶴屋後門第一次見到桐生時就已經認出他是宮本武藏了。 而 藤次同時也道出了吉岡道場的秘密，前一段時間吉岡道場收到了冒充的宮本武藏的戰書，作為天下聞名的道場，他們無法逃避這場戰鬥，而當主清十郎只對生意敢興 趣對道場並不是十分關心，所以迎戰這個假宮本武藏的任務自然就落到了他的弟弟傳七郎的身上，但事實上傳七郎的劍術十分弱，並不足以扛此大任，而且很可能在 決鬥中被殺，如此一來吉岡道場就會垮掉。 所以剛才清十郎故意輸掉比試，好讓桐生來擔負起對抗假宮本武藏的任務，以當今天下的劍士來說，沒有幾個人可以達到桐生的高度，所以吉岡道場應該得以保全。 而作為交換條件，如果桐生答應對抗假宮本武藏，藤次也就不會將他的真實身份公佈出去。
這樣的安排正中桐生下懷，於是兩人就這件事達成了共識。
第六章吉岡道場
龍屋裡，桐生將從光悅處得到的情報告訴了伊東，並告訴了他自己準備潛入吉岡道場的決定。 而聽完伊東的話後，顯然桐生將這件事想得過於簡單了。 首 先，桐生如果要加入吉岡道場的話，必須要通過入門考試，也就是吉岡道場會派出劍術師傅來和桐生交手，如果桐生的實力得到認可才可以進入道場，而吉岡道場是 天下聞名的著名劍術道場，高手雲集，想通過入門考試並非那麼簡單，桐生之前只是在祗園里和一些小混混交過手，並沒有什麼和真正的劍士交手的經驗。 其次，吉岡道場作為著名的大劍術道場門下生全是各流派非常有名的劍士，所以桐生想進入吉岡道場還得有名門劍士的推薦。
要說劍術實力桐生應該沒有什麼問題，但這個“名門劍士的推薦”就十分難辦了，正在兩人一籌莫展時，伊東突然想起了一個人。 伊東告訴桐生，實際上吉岡道場里分為兩派，一派為以當主“清十郎”為首，而另一派則是圍繞在其弟弟“傳七郎”周圍的年輕劍士，而兄弟兩人實際上並不是十分合拍。 當主清十郎平時以生意為主，最近在祗園十分流行的布料“拳法染”就是清十郎的生意，而其弟傳七郎則主管道場方面，所以想進入吉岡道場突破點在傳七郎這邊。
伊東給桐生出的計策是“賄賂”——最近傳七郎門派中的中心人物“祗園藤次”經常到鶴屋來玩，並且當夜還會來，到時候伊東會將他引到鶴屋的後門去，而桐生則趁此機會賄賂他。
於是兩人依計行事，當夜，桐生早早地來到鶴屋的後門等待祗園藤次的出現。 卻不想在這裡見到了遙被兩個遊女欺負，幸虧吉野及時出現才免得桐生出手。 而祗園藤次果然也在這時出現了，當他正對遙動手動腳時，桐生走了出來。 桐生直來直去，表達了想通過藤次的幫助進入吉岡道場的意願，並將一筆錢交到了他的手上。 稍加考慮後，藤次答應了桐生的要求，同意推薦他加入吉岡道場。 “我可以推薦你進道場，但剩下的入門測試就要靠你自己了，最好小心點，吉岡可愛的門下生們很可能殺了你哦。”說完，藤次就轉身又進入了鶴屋風花雪月去了。
搞定了推薦這個難題，剩下的就是入門測試了，桐生決定先修行一番做好準備再去，於是就在各地的道場以及光悅處刻苦地修煉了一段時間劍術。 隨後，在認為自己劍術已經有了長足的進步後，桐生收拾行囊，出發去了吉岡道場。
在吉岡道場門口，桐生遇到了藤次，他將桐生帶進了道場內。 道場正中央兩個人正在切磋劍術，旁邊兩排坐得整整齊齊的弟子在聚精會神地觀看。 “那個就是吉岡道場門下生中最厲害的一個人，植田”，就在藤次向桐生介紹的這一句話的工夫，植田已經將對手擊倒在地。 “誰是下一個？”植田囂張地向其他人宣戰，但兩旁的人都坐在原地紋絲不動，沒有人敢上前。
“呵呵，就讓我看看能從關原活下來的你的實力吧！”藤次冷不丁蹦出這麼一句話，便臉帶微妙笑容地坐到一旁去了。
桐生主動挑戰了植田，在交手中發現，吉岡道場第一弟子也不過如此，抓住對手一個破綻，桐生果斷出劍，植田倒在了地上。
“好劍法！”身後突然傳來了一聲叫好聲，桐生回過頭來，一個衣著劍道服的人走了過來拉住了他的手，可以看得出他很激動，“真是非常漂亮的劍法，敢問閣下大名？在下吉岡道場劍術師范吉岡傳七郎”，原來面前這個人就是吉岡道場的主管，於是桐生報上了自己的姓名。 隨後傳七郎表達了自己希望桐生加入吉岡道場的強烈願望，可當他得知桐生無門無派也沒有名師指導時，態度立刻有了一百八十度的轉變，表示被稱為名門的吉岡道場無論如何也不能收一名浪人做門下生，即使他劍術再高超。
這時，又有一個人走進了道場，並通過了桐生進入吉岡道場的請求，這個人就是傳七郎的哥哥，吉岡家的現任當主——吉岡清十郎。 傳七郎則表示極力反對，於是清十郎決定與桐生進行一場真劍對決，如果桐生贏了的話便可以加入吉岡道場。 說著，清十郎到場邊選了兩把刀，將其中一把遞給了桐生。
清十郎劍術非常高超，桐生費了很大力氣終於將其手中的劍砍成了兩截。 傳七郎見到哥哥輸了，心想桐生進入吉岡道場已成定局，便起身憤憤離去了。 “對不起，桐生先生，我為我弟弟的失禮向您道歉，吉岡道場以後就拜託你了。我還有些事情，先失陪了。”說完，他也離去了。
“恭喜啊，你現在已經成為吉岡道場的一員了。”藤次站起身來，對桐生表示祝賀。 “天下聞名的吉岡道場當主，實力就是這樣麼？我完全感受不到他想要將我擊倒的殺氣，這樣在戰場上豈不是連蚊子也殺不了？”桐生對自己如此輕鬆達成目的感到有些奇怪。 “呵呵，看來你看人的目光還是不夠凌厲啊”，說完，藤次將剛剛清十郎手中的刀扔了桐生。 桐生經過一番查看後大吃一驚，“模型刀？！”，藤次一語道破天機，也許清十郎就是故意敗給桐生的。
兩人出得門來，桐生抓住剛才藤次“呵呵，就讓我看看能從關原活下來的你的實力吧！”這句話向他詢問為什麼藤次會知道他的真實身份。 原來藤次也在五年前丸目長恵招集到關原的部隊中，那時他就見過桐生了，所以當他在鶴屋後門第一次見到桐生時就已經認出他是宮本武藏了。 而 藤次同時也道出了吉岡道場的秘密，前一段時間吉岡道場收到了冒充的宮本武藏的戰書，作為天下聞名的道場，他們無法逃避這場戰鬥，而當主清十郎只對生意敢興 趣對道場並不是十分關心，所以迎戰這個假宮本武藏的任務自然就落到了他的弟弟傳七郎的身上，但事實上傳七郎的劍術十分弱，並不足以扛此大任，而且很可能在 決鬥中被殺，如此一來吉岡道場就會垮掉。 所以剛才清十郎故意輸掉比試，好讓桐生來擔負起對抗假宮本武藏的任務，以當今天下的劍士來說，沒有幾個人可以達到桐生的高度，所以吉岡道場應該得以保全。 而作為交換條件，如果桐生答應對抗假宮本武藏，藤次也就不會將他的真實身份公佈出去。
這樣的安排正中桐生下懷，於是兩人就這件事達成了共識。
第七章大火
時間轉眼過去了幾週，一日，桐生正在道場裡練劍。 祗園藤次此時前來，並帶來了一個桐生的老朋友——伊東。 因為桐生留在吉岡道場，已經很久都沒有出現在祗園了，所以那裡到處都傳聞桐生已經死了，伊東非常擔心，所以到這邊來看看情況。 桐生聽完伊東的話也覺得這麼久不出現不太妥當，於是決定和伊東回祗園一趟，而伊東則希望桐生先和他去一個地方。
走到川岸的河邊，走在前面的伊東突然放慢了腳步，夕陽照得河面泛出點點紅光，十分好看。 “這就是你要帶我來的地方？”桐生不禁發問，這一路上伊東一句話也沒有說。 突然，伊東拔出腰間的刀轉身砍向桐生，情急之下桐生慌忙拔出雙刀擋住。
“雙刀……果然是你，你就是宮本武藏！”伊東步步緊逼。
“為什麼要這樣做!”這一切對於桐生來說實在是太突然了。
伊東並不回答，而是退後兩步擺好了架勢，“來吧，為了決定誰有資格和佐佐木小次郎決鬥，我絕不會把他讓給你的！”
看來一場戰斗在所難免，桐生也只好拔出了刀。
比試就這樣在河邊進行了好久，沒有想到平常那個看起來並不凶悍的伊東劍術竟然非常高超，桐生費了很大力氣才占到了上風……
比試結束後，兩人躺在岸邊，剛才對決中的殺氣已經被河邊的微風吹得蕩然無存。 從伊東的話中桐生了解到，原來伊東就是當年可以和大劍豪柳生石舟齋平起平坐的伊東一刀齋，而他之所以隱瞞自己的身份住在祗園，原因就是為了向那個男人——佐佐木小次郎復仇。
原來當年，也就是戰國時代的末期，德川家康和豐臣秀吉為了爭奪天下而針鋒相對，雙方都在全國瘋狂地尋覓人才，而當時以劍術高超而聞名的伊東的名字則傳入了德川的耳朵中，於是德川便派了一個年輕的劍士來招安伊東，那個人便是佐佐木小次郎。 而那時伊東的夢想是將自己的一刀流發揚光大並超過柳生的新陰流，並不想參與相奪的事情，於是便拒絕了佐佐木小次郎。 德川聞之此事大怒，便委派小次郎為刺客襲擊了伊東的道場，而伊東的全家以及道場的學生都在那時被殺了。 伊東自然發誓要報仇，而在考慮後他的決定就是隱藏身份，秘密打探小次郎的下落，而祗園是天下劍士聚集的地方，興許會有和小次郎關係非常近的人出現，因此這裡也成了伊東的最佳選擇。 終於，被他打聽到明天德川家的重要官員都要到鶴屋來，而小次郎也會來。 那樣的話，想必桐生也不會在坐視不動了，所以伊東想有必要和桐生來決定一下到底誰去殺小次郎。 而實際上伊東早就覺得桐生不是個簡單的人了，很有可能就是傳聞中的宮本武藏，但他並沒有時間去確認了，所以除了選擇決鬥並無他法。
而關於桐生和小次郎的關係，伊東則是通過光悅知道的，實際上伊東很早以前就開始通過光悅的力量追踪小次郎的下落了，而從他那裡聽說到五年前桐生曾經陷入小次郎在關原設下的陷阱，所以伊東可以肯定桐生和小次郎之間也存在著很深的仇恨。
在由於了一陣之後，伊東決定將小次郎讓給桐生來解決。 而桐生則拒絕了他：“確實我非常憎恨小次郎，其程度絕不亞於你的全家被殺之仇，但我想和小次郎戰鬥，並不是為了復仇，而是想作為劍士和他一決高下，那是對我來說最重要的事情，無論當年在關原發生了什麼。”
“桐生，我很明白你的感受，想和強敵交手，身為劍士誰都是這麼想的。但是，因劍而生的仇恨並不一定非要用劍去返還，新的時代已經到來了，我也希望可以做些什麼。”
“我因為劍，五年前身陷關原的陷阱，也是因為劍我失去了心愛的女人，我走到了今天這步，全是因為劍的引導。四年前，我的女人在我面前被殺，臨死之前她和我 說過，劍士強到某種程度後，是可以救人的。所以我想要變強，為了成為最強的劍士而努力，所以這場戰鬥是不能夠逃避的。”
“哈哈，真是個傻瓜，一個相信劍的力量的大傻瓜。但是，你這樣的傻瓜無法為這個國家創造未來，但是我認為這個國家需要你這樣不跟隨時代改變而改變自己生活 方式的人，像我這樣會改變生活方式的人，就會對真正戰鬥的目的產生疑問了，當'復仇'二字擺在我面前時，我就一直為了這兩個字生活了。但你不一樣，你相信 這個時代賦予的生活方式，並將它一直貫徹下去，這便是劍士的生活方式。如今我們看到的景色，便是這樣生活方式的人建立的，所以，你就這樣堅持自己的生活方 式生活下去，就一定會變強。只是我也不是十分明白'強到一定程度就可以救人'到底是什麼意思。”
眼看天色漸晚，兩人結束了談話，回到了祗園，在見過了遙之後，桐生、伊東、光悅三人於第二日匯合，對晚上的大事商談起了對策。 從光悅得到的情報中，京都所司代的板倉勝重也會參加，而幕府的劍術師範也會隨同一起。 而 最大的問題則是，最討厭祗園的板倉卻恰恰把宴席地點選在了鶴屋，據光悅得到的消息，板倉表面上是招待幕府的重要人物，而實際上則是想籠絡德川，而且這個板 倉好像是接到了德川家的密令，來祗園找什麼人，具體是誰並不清楚，但既然把宴席地點選在鶴屋，說不定這個板倉要找的人和鶴屋有著什麼關係。
而兩人更關心的則是小次郎的消息，說著光悅拿出了一個今晚會參加宴會的德川家重要人物的名單，而除了佐佐木小次郎，桐生還在上面發現了一個自己這輩子也不會忘記的名字——丸目長惠。 這樣，從名單看來，五年前策劃刺殺結成秀康的所有人，今晚就都會在鶴屋聚集了，幾人心裡都有點不安的感覺，很可能事情會發展到他們預想以外的狀況。 而相對小次郎，桐生則更希望從丸目那裡得知五年前的真相。
剩下的就是要如何潛入鶴屋了，最後大家商量決定，去找鶴屋的女老闆，桐生作為客人的身份去，女老闆是沒有辦法拒絕他進入鶴屋的，只是想到帶刀進去可能有點麻煩，但總歸會有辦法的。 於是，桐生和伊東分頭行動，伊東去搞一些刀來，而桐生則去找鶴屋女老闆商量看看能不能搞到房間。
事情發展很順利，桐生以想看遙的表演為由向女老闆搞到了一個距離當晚德川大宴席比較近的一間房間，而伊東也在稍晚的時候回到了龍屋。
當夜，兩人帶刀繞過了滿城的看守進入了鶴屋，在宴席隔壁的屋子裡觀察著裡面的一舉一動。 板倉在席間不停地左顧右看，看來確實是在尋找什麼人，但令兩人意外的是，小次郎和丸目並沒有出現在宴席中間。 這時候板倉有了動作，他起身要去上廁所，卻死活非要拉著遙一起去。 桐生見狀拔刀就要衝進去，卻被伊東攔住了，“先找小次郎和丸目才是最重要的！”而就在這句話剛剛出口，舉辦宴席的大屋裡突然傳出來了慘叫聲。 順著門縫，桐生看到屋中已經混亂不堪，一個官員全身是血地躺在地上步步後退，另一個之前沒有出現的人拿著一把長刀站在他面前，“放心吧，不會留下任何證據的！”劍士邊說邊將刀高舉過頭頂，“佐佐木，你這個傢伙……”還沒有等那個官員說完，劍士便手起刀落將他送上了西天。
“佐佐木小次郎！”伊東率先拔刀衝了進去，“我今天要把以前你送我的全還給你！”可就在兩人還沒擺好架勢的時候，外面卻傳來了“著火啦、著火啦”的喊叫。 佐佐木小次郎不緊不慢地說道：“快去救那個小姑娘吧，不然就和板倉一起被燒死嘍。”
桐生聽罷留下伊東對付小次郎，自己則去尋找遙和板倉的下落。 出得門來，整個鶴屋已經處於一片火海之中，無數地遊女在呼喊救命，場面十分混亂。 桐生到處搜索遙的下落未果，卻於火海中隱約見到了一個熟悉的身影，“丸目……？”，桐生跟了上去。 另 一方面，板倉拉著遙像無頭蒼蠅一樣在火海中四處亂竄，隨後他嫌遙礙事便將她拋棄，自己尋找出路，卻不想遇到了丸目長惠，而從遇到他那一刻起，板倉便永遠不 會再有想不到的事情發生了……而此時，桐生也趕來了，不由分說，桐生拔刀用盡全身力氣砍向了丸目，短兵相接，火花四濺，震得桐生刀把上繫著的鈴鐺“當、 當”作響，這個動靜被不遠處的遙聽到了。
“丸目，你為什麼要這樣做！”，可丸目並沒有回答，手上一發力，將桐生震開，自己破牆而逃了。 而此時遙正好尋著剛才發出的鈴鐺聲走了過來，桐生趕緊收起刀迎了上去，“你沒事吧？”，可遙看到了桐生刀把上繫著的鈴鐺，突然神情大變，彷彿看到了非常可怕的一幕……
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